Il trattamento economico è corrisposto mensilmente dalle Università presso cui operano le scuole di specializzazione e, come definito dalla Legge n. 266 del 2005 è costituito da una parte fissa, uguale per tutte le specializzazioni e per tutta la durata del corso, e da una parte variabile, ed è determinato annualmente con decreto del Presidente del Consiglio dei ministri, su proposta del Ministro dell’Istruzione, dell’Università e della Ricerca, di concerto con il Ministro della Salute e con il Ministro dell’Economia e delle finanze, avuto riguardo preferibilmente al percorso formativo degli ultimi tre anni. La parte variabile non potrà eccedere il 15 per cento di quella fissa.
Attualmente la quota fissa del trattamento economico, eguale per tutte le specializzazioni, è fissata a 22.700 euro lordi per ciascun anno e la parte variabile è fissata a 2.300 euro per i primi due anni di specializzazione e 3.300 dal terzo anno in poi.

Tolte le trattenute INPS, lo stipendio netto è pari a circa 1.650 euro al mese per i primi due anni e a circa 1.750 euro al mese per gli anni successivi.

Non è prevista la tredicesima.